Peace Walker se sitúa en el año 1974, 4 años después de los hechos de Portable Ops, y 10 años después de Snake Eater. Big Boss ahora vive en Latinoamérica, y ha creado MSF: Militaires Sans Frontières (Militares sin fronteras), un ejército sin banderas ni fronteras (¿Recordáis las PMC (Private Military Company / Compañía Privada Militar) de MGS4?). Su mano derecha es Kaz, Kazuhira Miller (¿Os acordáis de Master Miller?).
Un buen día aparecen Paz y Ramón Gálvez, alumna y profesor, contándole una triste historia pidiendo la ayuda de MSF, ya que necesitan de su ejército para expulsar a un grupo que ha invadido su hogar, Costa Rica y está haciendo estragos. A cambio le ofrecen una base militar en el Caribe, que sustituya a la actual, ubicada en una remota playa, muy penosa por cierto. De cualquier modo, lo que motiva a Snake aceptar la misión es otro incentivo, y es que Gálvez le enseña a Snake y Kaz una cinta grabada hace unos días, en los que se escucha la voz de The Boss, difunta mentora de Snake.
